截至2019年末，南谯区医疗机构170家，乡镇卫生院（含分院）12家，社区综合服务中心2个，社区卫生服务站21个，村卫生室61个，个体诊所、门诊部、体检中心66个，公立医院1个，民营医院1个。疾病预防控制中心1个，妇幼保健机构1个，卫生监督管理所1个。全区床位数3175张，执业医师（助理）1304人，护士1919人。

　　南谯区开展了计划生育五项清理和人口性别比专项整治工作，查处了一批“两非”案件，较好地稳定了低生育水平，计生管理工作进入全省一类县（市、区）行列。2006年，投入23万元在腰铺镇自行开展了新型农村合作医疗试点工作，成效明显，并经积极争取，已列入了2009年全省试点县（市、区）。投入350万元完成南谯有线电视台机房建设，40套电视节目已传输至全区所有乡镇；创办《滁州日报·南谯新闻》，宣传手段不断增强。全区各项社会事业均取得较大进步。